土地承包合同的特殊性，对其效力进行认定时应有所区别：
（1）对于上个世纪八十年代初利用农村四荒地植树造林，但仅是以口头形式约定的合同不能一概认定无效。原因在于，当时党和国家对农村实行改革刚刚开始，法律法规尚未出台，农民依照有关政策规定对四荒地进行了开垦、开发，并履行了相关义务。但由于种种原因，一直以来未能完善承包合同。因此，村委会或村小组集体仅以没有书面合同或合同约定不清楚而否认农民对四荒地承包经营的事实，应不予支持。正确的做法应为：法院对于此类口头合同应根据《民法通则》及其相关规定，按照已形成的事实，耕作的实际面积，位置的固定性认定口头合同有效，并要求补签相关的合同及补发土地经营权证。
（2）违反法律、法规强制性规定的承包合无效。《土地承包法》第四十六条第二款规定：“承包荒山、荒沟、荒丘、荒滩的，应当遵守有关法律、行政法规的规定，防止水土流失，保护生态环境”。目前的法律规定有《水土保持法》规定：“不得在25度以上陡坡地开垦种植农作物。在5度以上坡地上整地造林、抚育幼林，垦复油茶、油桐等经济林木，必须采取水土保持措施，防止水土流失。《土地管理法》第三十九条规定，开垦四荒地的禁止毁坏森林、草原开垦耕地，森止围湖造田和侵占江河滩地。《水法》第四十条规定，不得围湖造地，不得围垦河道。《农业法》第五十六条规定，森止毁林开荒、烧山开荒、围湖造田以及开垦国家森止开垦的陡坡地。《森林法》第二十三条规定，森止毁林开垦和毁林采石、采沙、采土以及其他毁林行为。《海洋环境保护法》规定，森止毁坏海岸防护林、风景林、风景石和红树林、珊瑚礁等。因此，对于违反上述规定的合同，当然无效。
（3）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的合同无效。一些农户及其单位为了达到占用他人耕作地的目的，利用农村土地权属不清，土地管理混乱，与另一个村民集体或个人签订承包合同，恶意的侵占他人已承包耕作的土地。审理此类合同纠纷的案件，有些法院在双方未能提供土地确权证的情况下，大多以土地确权不清为由驳回起诉，使原承包并已耕作多年的经营者利益得不到应有之保护。笔者认为，这是一种极不负责任的作法。原承包者依据合同取得土地的经营权及收益权，并在所承包之土地上辛勤耕作，付出了大量的时间与精力，应予以保护。另一方面，许多情况下，恶意订立合同者与发包者相互串通，以合同这一合法形式掩盖其占有土地使用权的目的。因此，如果是原承包者请求法院确认合同效力的，只要不违反合同成立条件并已进行开发性生产的，应首先确认该合同继续有效，不可解除合同或驳回诉讼请求。若被告方提出反驳，则属于另一个法律关系，不应并案审理。
（4）少包多占并以实地四至与批准面积不一致时应以实际四至为准提出反驳的合同效力的认定问题。由于历史政治等原因，土地权属几经变迁，且通常都缺少有效的书面记载，土地管理不到位，土地经营权证书管理不规范，在进行登记时以土地使用者自报面积登记。自第二轮土地承包后，村集体在重新核对面积及清查预留地使用范围时发现个别村民占用的面积竟大于承包的面积。经村民会议决议收回多占之土地，占用者拒不执行，导致双方纠纷发生并进而引起诉讼。当村民集体要求占用者选择重新协商并签订新的承包经营合同，或是退出多占的土地时，占用者以《海南省确定土地权属若干规定》第二十二条的规定提出反驳，请求法院按实际四至范围计算土地面积，确定其使用权，不退出多占的使用地并只能按原承包金补签合同。此类案件实际上就是个人侵占了村民集体的合法权益，处理时应严格按照《村民组织法》、《土地承包法》的规定执行，不能因为地上存在附属物或长期使用的事实而将非法占有变为合法使用，只要查清属于非承包地，还应承担相应的侵权责任。
（5）违反民主议定原则的承包合同是否应认定无效。关于这个问题理论界与实务界已进行了多次论证，对于此类合同的认定主要的依据是最高人民法院《关于审理农业承包合同纠纷案件若干问题的规定（试行）》（法释[1999]15号）第二条，第二十五条之规定执行，最高人民法院此项规定对认定农业承包合同的效力的认定具有普遍的意义，即使是最高人民法院制定了〈关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释〉（法释[2005]6号）后，上述规定也继续实施，并在以后的工作中起着很好的指导作用。法院超出当事人的诉讼请求而判决原告与被告签订合同问题。合同是平等主体之间真实的意思表示，而农业承包合同作为一种特殊的合同，其成立条件是法定的，即须经过村民集体民主议定方为有效，否则视为无效。法院审理此类民事案件时应根据当事人的诉讼请求，在查明事实的基础上，厘清责任，依据相关法律规定作出的公正的裁判。但有些法院在审理此类案件中，脱离了当事人的诉讼请求，对原承包经营者合同期满后继续占用集体土地或长期霸占村集体土地的人，不仅不判决停止侵害，赔偿损失，反而违反合同的自治原则和民主议定原则，判令双方继续完善承包合同，这样判决的结果显然违背了法律的相关规定，并为法院开展后续执行工作带来无穷后患。因此要坚决予以杜绝。

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